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长链非编码RNA（long non-coding RNAs，lncRNA）是一类长度大于200nt，位于细胞核或胞浆中，表达量和保守性略低于mRNA且具有细胞或组织类型特异性的低编码功能性RNA分子。 近年来，随着测序以及其他分析技术的发展，大量lncRNA已经被鉴定，并且越来越多的证据表明lncRNA在转录调控 、转录后调控及表观调控等多个层面调控基因表达 ，在生物体生命活动中有重要作用。
lncRNA测序采用去核糖体的链特异性建库方式进行建库 ，并使用二代illumina测序平台进行测序 ，lncRNA建库属于mRNA+lncRNA ， 只需要一次建库，就能同时获得mRNA的数据以及lncRNA的数据，lncRNA结合转录组或小RNA测序可全面解析物种个体发育、环境适应、免疫互作及表型变异机制。
作用机制
- LncRNA通过参与调控蛋白质码基因，影响细胞内信号转导途径以及发育过程中的基因调控机制 。
- 动植物受到病原物侵染过程中lncRNA表达会发生变化，具体表现为长链非编码RNA在序列和空间结构上的异常、表达水平的异常、与结合蛋白相互作用的异常等 。
- 植物中很多功能的调控都离不开lncRNA参与，例如响应外部环境（温度、盐碱等）胁迫，lncRNA表达量变化调控转录本表达发生变化。
- 可以与其他组学进行多组学联合分析，包括lncRNA+mRNA 、lncRNA+miRNA、lncRNA+甲基化等。
技术路线
分析内容展示
案例解读
研究背景
在植物中 ，大量的lncRNA被鉴定 ，并证实在基因沉默、生殖发育 、开花时间调节 、胁迫反应等重要发育途径中发挥重要作用。水稻种子是水稻重要的生殖器官 ，直接决定产量和品质，然而lncRNAs在水稻种子发育中的作用尚不清楚。
研究结论
差异lncRNA的靶基因GO富集分析显示，主要在细胞成分、分子功能和生物过程进行富集。主要涉及细胞过程、代谢过程 、催化活性 、细胞器和细胞组分，这些结果表面， 这些差异表达的lncRNA可能通过影响各种途径参与种子发育。这些结果扩展了水稻中lncRNAd 数据集，增强了我们对lncRNA在水稻种子发育中的生物学功能的理解。
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